莫拉克颱風重創南台灣，台灣高鐵公司基於人道關懷並善盡企業社會責任，自8月12日起至9月11日止，每班次列車將保留90個座位（每日平均1萬1 ,095 個座位，每週7萬7,670個座位），提供政府機關、民間團體，免費搭乘高鐵往返災區（南下車次到達站或北上車次起程站為嘉義站、台南站及左營站），從事救災工作或協助受災民眾重建家園。

台灣高鐵公司表示，值此國家發生重大災害之際，台灣高鐵身為大眾運輸工具，除確保提供旅客安全順暢之高速鐵路運輸服務，並將協助往返災區的機關團體搭乘高鐵，高速送愛心，攜手同行，一起為公共救援工作盡一分心力。

88水災台灣高鐵開放列車免費搭乘服務相關說明如下：

• 實施期間：2009年8月12日（三）起至9月11日（五）止。
• 提供座位數：每日每班車提供90個座位，每週提供7萬7,670個座位。
• 申請資格：前往災區協助救災之政府機關及民間團體。
• 申請方式：
  • 撥打服務專線電話03-261-6997（服務時間：8月12日起，每日上午8時至晚上8時），或下載申請表格（PDF | Word），填寫後傳真至專線03-262-0925或03-262-0926。
  • 為避免延誤行程，敬請儘早於搭乘車次發車前90分鐘提出申請，以利後續座位安排。
  • 高鐵公司將與申請人確認車次及座位。
  • 申請人至高鐵各車站「88水災高鐵服務櫃台」，持代表人身分證件領取車票後搭乘（櫃台服務時間同車站營運時間）。

其他注意事項：

1. 為維護旅運安全，攜帶救災物品仍請遵守高鐵旅客運送實施要點規定，每人隨身攜帶物品，每件長度不得超過150公分，或長、寬、高之和不得超過220公分，且總重量不得超過40公斤。
2. 本項搭乘協助係台灣高鐵無償提供之人道救援協助，不負誤點或運轉中斷賠償之責；考量資源有限，台灣高鐵有最終同意申請與否之權利。如有不符搭乘協助資格而有使用本項搭乘協助之情形者，仍請照章補票。